Onderwijs en stages
De sectie Epigenetica verzorgt onderwijs voor diverse BSc- en MSc-curricula. Zo verzorgen wij (gast)colleges voor eerste- en derdejaarsstudenten Biomedische Wetenschappen, maar ook voor studenten die een opleiding geneeskunde volgen.
De genoom diagnostische en research implementatie van Epigenetica is hier het hoofdonderwerp. Daarnaast draagt de sectie Epigenetica aanzienlijk bij aan de module Advanced Forensic Biology, die onderdeel uitmaakt van de Master Forensic Science aan de UvA (Prof. dr. Titia Sijen). Bovendien verzorgen wij ook diverse werkcolleges waarin bioinformatica wordt onderwezen. Studenten worden aan de hand van een duidelijke handleiding de basisstappen van machine learning bijgebracht door aan de hand van DNA-methylatieprofielen of genexpressie (mRNA) een voorspelling te doen van respectievelijk de biologische leeftijd van een persoon of de prognose van bijvoorbeeld borstkanker.
Het onderwijs dat wij verzorgen beperkt zich niet tot het geven van hoor- en werkcolleges. Stageprojecten die zich richten op ‘machine learning’, nieuwe DNA-methylatiedetectiemethoden in diverse cohorten of patiënten (in samenwerking met de sectie Genoomdiagnostiek) bieden wij veelvuldig aan. Gemiddeld heeft de sectie Epigenetica drie MSc-studenten per jaar, voor een periode van 6 tot 9 maanden.
Studenten 2023-2024
Bart Hulsenbosch
MSc-student Biomedische Wetenschappen aan de VU
Bart Hulsenbosch (5 maanden stage), werkt aan de bevestiging van pathogene varianten in het USP7-gen in fibroblasten van patiënten met het HAFOUS-syndroom. Bart maakt gebruik van verschillende technieken, waaronder standaard Sanger-sequencing, Nanopore-sequencing en long-range PCR.
Isis Beentjes
MSc-student Forensic Science
aan de UvA
Isis Beentjes (6 maanden stage), werkt aan de ontwikkeling van een forensische moleculaire test waarin tegelijkertijd alle standaard forensische markers en markers voor fenotypische kenmerken kunnen worden geanalyseerd. De techniek die Isis gebruikt, is gebaseerd op Nanopore sequencing.
Sreeijta Mazumder
MSc-student Bioinformatica
aan de UvA/VU
Sreeijta Mazumder (9 maanden stage), werkt aan de ontwikkeling van een machine learning data-analyseworkflow binnen het (pros)RODAM-project. Sreeijta onderzoekt met name of hoge bloeddruk in dit Ghanese cohort kan worden voorspeld aan de hand van DNA-methylatiemarkers.
Anwar Permana
BSc-student Forensic Science
aan de Hogeschool Leiden
Anwar Permana (9 maanden stage), werkt aan optimalisatie en standaardisatie van verschillende bioinformatica analysecomponenten om forensische data tegelijkertijd te analyseren.